El tren es el medio de transporte público más popular en Tokio porque cuenta con una amplia red de ferrocarriles operados por varias empresas privadas. La línea Yamanote es la más importante de la ciudad y está operada por la compañía Japan Rail.

La línea Yamanote inició actividades en 1885 (cuatro décadas antes que el metro) y actualmente cuenta con 29 estaciones que utilizan alrededor de 4 millones de personas por día. Cada uno de sus trenes tiene una extensión media de doscientos metros y circulan con una frecuencia de 2 a 3 minutos.

Como en otros medios de transporte de Tokio, el precio del billete varía según el trayecto. Por ejemplo, tarda unos 60 minutos en dar una vuelta a la ciudad (36 kilómetros) y tiene un precio de 2 euros. El coste medio de un trayecto es 1,2 y 2,4 euros, siendo 1,5 euros la tarifa habitual. Si deseas un precio más exacto sólo debes buscar tu destino final en los planos que hay en las estaciones, ahí encontrarás el precio del billete para cada destino.

Si visitarás la ciudad varios días, te recomendamos adquirir las tarjetas Suica/Pasmo, tarjetas recargables que van de los 1.000 a los 5.000 yenes (9,40 a 47 euros). Otro tipos de tren de alta demanda son los JR (Japan Rail) y los tren bala o Shinkansen.

El JR es ideal para llegar al Aeropuerto de Narita y para visitar ciudades cercanas como Nikko, Kamakura y Yokohama. Para utilizar este servicio podemos adquirir el Japan Rail Pass, tarjeta que permite el uso ilimitado de las líneas JR a lo largo de todo Japón. Con esta tarjeta también podremos usar los trenes Yamanote.

Los Shinkansen cubren más de dos mil kilómetros de Japón y van a una velocidad media de 300km/h. Las líneas de alta velocidad que tiene Tokio son:

Línea Tokaido (une Tokio con Osaka), línea Tohoku (une Tokio y Hachinoe), línea Joetsu (une Tokio y Niigata), línea Nagano (une Tokio y Nagano), y la línea Akita (une Tokio y Akita).