La mayor parte de vuelos internacionales vuela hacia el Aeropuerto de Narita, por Tokio; o al Aeropuerto de Kansai, por Osaka. Algunos usan el Aeropuerto Internacional de Chubu, por Nagoya. Todas están a distancias considerables de los centros de sus respectivas ciudades, pero todos están conectados por redes de tren regionales y numerosos servicios de autobús.

Tanto Narita como Kansai son de fácil circulación y no están atestados de gente, esto asumiendo que no se viaja en los periodos de vacaciones —concretamente Año Nuevo, la Semana Dorada (fines de abril y comienzos de mayo) y Obon (mediados de agosto— cuando todo es más caro y frenético.

Las principales aerolíneas del país son Japan Airlines y All Nippon Airways. United Airlines y American Airlines tienen bases en Narita con varios vuelos alrededor de todo el mundo.

Una opción económica y bastante popular es ir a Japón vía Corea a aeropuertos menores alrededor del Japón, que aparte de vuelos domésticos reciben vuelos de China y Corea en aerolíneas como Korean Air o Asiana Airlines.

Finalmente, es posible ir a Japón vía marítima a través de países como Corea, China, Taiwan y Rusia. Desde Corea y Taiwan los precios están entre los 90 y 100 euros (via JR Kyushu Ferry, Barnstar Line y Star Cruise); desde China, 150 a 200 euros (vía Japan-China Ferry, Orient Ferry) ; y desde Rusia, 210 a 300 euros (Heartland Ferry y Far East Shipping).