El País Vasco cuenta con tres aeropuertos principales en sus capitales de provincia:

Aeropuerto de Bilbao: Se trata del aeropuerto más importante de la cornisa cantábrica en cuanto a número de viajeros e impacto económico. Recibe anualmente un tráfico de más de 4 millones de viajeros. Tiene vuelos locales de Iberia (Madrid), Iberia regional (Madrid, Alicante, Badajoz, La Coruña, Santiago de Compostela, Sevilla, Valencia, Vigo, Funchal), Spanair (Barcelona, Gran Canaria, Lanzarote, Madrid, Tenerife-Sur) y Vueling (Barcelona, Ibiza —estacional—, Málaga, Mallorca, Menorca, y Sevilla). Posee servicios de metro (línea 3) y Autobús (Bizkaibus). Está a 5km de Bilbao.

Aeropuerto de Vitoria: Tiene escasa importancia en el transporte de pasajeros y cuenta pocas conexiones estables. Iberia regional vuela a Madrid y Barcelona, y otras aerolíneas operan esporádicamente vuelos chárter. En temporada de verano la compañía Iberworld opera vuelos chárter a Lanzarote y Tenerife Sur e Iberia regional opera vuelos a Baleares. Recibe unos 67 mil pasajeros al año, lo que lo hace una buena opción para evitar demoras. Hay una línea de autobús manejada por Autobuses La Unión. Cubren los trayectos a Vitoria en función a la llegada de los vuelos. Está a 8km de Vitoria.

Aeropuerto de San Sebastián: Al igual que el de Vitoria, posee un tráfico bajo. Recibe vuelos de Ibera (Madrid) y de Iberia regional (Madrid y Barcelona). Tiene una afluencia anual de 68 mil pasajeros. Posee un servicio de autobús a la ciudad, la cual está a 22km del aeropuerto.