El transporte aéreo dentro de Japón es más un lujo que una necesidad. La red de trenes “Shinkansen” es excelente y suple las necesidades de la isla. De todas formas, volar sigue siendo la forma más práctica de alcanzar las islas exteriores de Japón, concretamente la conexiones a las islas de Hokkaido (norte) y Okinawa (sur).

El Aeropuerto de Narita recibe algunos vuelos domésticos, pero la gran mayoría sale del Aeropuerto de Haneda, al sur de la ciudad. De igual forma, el Aeropuerto de Itami al norte de Osaka está más dedicado al interior que el Aeropuerto Internacional de Kansai.

Los precios de los vuelos domésticos son caros, pero hay descuentos significativos si se compran con anticipación. Las aerolíneas más grandes son Japan Airlines y All Nippon Airways. Ambas ofrecen paquetes denominados “Visita Japón” donde el comprador de un pasaje internacional de regreso en la aerolínea puede viajar a cualquier ciudad por 100 euros. Aquellas menores de 22 años puede conseguir la Skymate Card que permite viajar a la mitad del precio publicitado (más barato que viajar en tren).

El concepto de aerolínea de bajo coste todavía no a entrado con fuerza al país, pero hay algunas aerolíneas como Air DO que brindan algo de competencia a la ruta Tokio Hokkaido. Skymark Airlines y Starflyer atienden Tokio, Osaka y Kyushu.