Constituido en 1772 por Carlos III como el Real Gabinete de Historia Natural. Parte de la colección que tiene este museo es gracias a las donaciones de Pedro F. Dávila, un culto comerciante de Guayaquil. En 1815 lo nombran Real Museo de Ciencias Naturales. En 1887 se instala en el Palacio de Industria y Bellas Artes.
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Desde 1913 ostenta la denominación actual. De puertas adentro, el museo se centra en la investigación, descripción y conservación de la diversidad biológica y geológica de todo el mundo, para lo cual cuenta con cinco departamentos especializados.

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Su principal función es la divulgación de las ciencias naturales y en el desarrollo de aspectos didácticos a través de publicaciones y exposiciones. El punto de encuentro para los estudios de investigación es Madrid.

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Al visitarlo podrá conocer algunos ejemplares históricos como el megaterio, el diplodoco, dioramas de aves y mamíferos, museo de Historia natural, sala dedicada al mar Mediterráneo y sala donde se reúnen las piezas históricas más emblematicas del museo.

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