El Aeropuerto de Pamplona está a 7km al sur de la ciudad. Tiene vuelos regulares desde Madrid y Barcelona a través de Iberia, y desde Lisboa con TAP. Dado que el aeropuerto es pequeño, los viajeros que vienen desde otras ciudades llegan a los aeropuertos de Bilbao (156km), Zaragoza (170km) y Biarritz (115 km) en Francia.

La línea 21 del de autobús sale del aeropuerto cada 30 minutos a la estación de autobús de la ciudad; domingos y festivos sale cada 60 minutos. El precio del billete es de 1,25 euros. Los taxis suelen cobrar 13 euros hasta Pamplona. El Aeropuerto está conectado con la autopista PA-31, por lo que se puede llegar a la ciudad en unos 10 minutos.

A la Estación de Autobuses de Pamplona llegan la mayoría de vehículos desde las principales ciudades de España. Hay autobuses regulares desde Bilbao (11,60 euros), Vitoria (6,80 euros), Logroño (7 euros), San Sebastián (6,50 euros), Soria (11,10 euros) Madrid (24,29 euros) y Barcelona (33,50 euros).

Pamplona recibe diariamente 3 trenes desde Madrid (48,50 euros), 3 desde Barcelona (31 euros), 3 desde San Sebastián (18,30 euros), 4 desde Vitoria (4,10 euros) y 5 desde Tudela (12,50 euros). La estación de tren de la ciudad está algo apartada, pero se conecta al centro por el autobús 9, el cual parte cada 15 minutos.

Para llegar en coche desde Madrid o Barcelona se debe entrar por la autopista AP-15 —esta tiene un peaje de 8 euros. Son, en total, unas cuatro horas de viaje desde Madrid a Pamplona. Desde el norte se entra por la autopista A-15, la cual es gratis hasta Irurzun; luego se paga 2 euros hasta Pamplona.